Небольшой лог для компиляции st-link под линукс.

git clone https://github.com/texane/stlink stlink.git
aptitude install libusb-1.0-0-dev pkg-config gcс make
cd stlink.git
make
cp 49-stlinkv1.rules /etc/udev/rules.d/ # Для stm32vl-discovery, для stm32l-discovery 49-stlinkv2.rules
service udev restart

После подсоединения платы должен появиться /dev/sgN. В папке stlink.git/flash лежит после компиляции st-flash:

./st-flash erase /dev/sg1 # для стирания флэшки на борде
./st-flash write /dev/sg1 keil_project.bin 0x08000000 # для прошивки откомпилированного проекта

Есть еще возможность отладки через gdb - мне пока не нужная.